2.关于被告章程第二十五条第(四)项内容的效力问题。
《中华人民共和国公司法》第三十五条规定：“股东按照实缴的出资比例分取红利;公司新增资本时，股东有权优先按照实缴的出资比例认缴出资。但是，全体股东约定不按照出资比例分取红利或者不按照出资比例优先认缴出资的除外。”本院认为，有限责任公司的股东有权优先认缴公司新增资本，是为了维持现有公司的股权组成结构，维护现有股东的利益，但在有的情况下，考虑到有限责任公司的人合因素，可以不按照出资比例优先认缴出资，但必须要经过全体股东的约定。故被告章程第二十五条第(四)项的规定违反了上述法律的规定，应确认无效。
3.关于被告章程第二十九条内容的效力问题。
《中华人民共和国公司法》第四十四条规定：“股东会的议事方式和表决程序，除本法有规定的外，由公司章程规定。股东会会议作出修改公司章程、增加或者减少注册资本的决议，以及公司合并、分立、解散或者变更公司形式的决议，必须经代表三分之二以上表决权的股东通过。”本院认为，由于公司修改公司章程、增加或者减少注册资本的决议，以及公司合并、分立、解散或者变更公司形式是公司的重大事项，故法律对于公司作出以上事项的决议有强制性规定，即必须经代表三分之二以上表决权的股东通过，不能通过公司章程或其他方式予以改变。现被告章程第二十九条内容亦违反了法律对于公司上述事项法定表决方式的规定，亦属无效。
4.关于被告章程第四十一条内容的效力问题。
《中华人民共和国公司法》第五十二条规定：“有限责任公司设立监事会，其成员不得少于三人，股东人数较少或者规模较小的有限责任公司，可以设一至二名监事，不设立监事会。监事会应当包括股东代表和适当比例的公司职工代表，其中职工代表的比例不得低于三分之一，具体比例由公司章程规定。监事会中的职工代表由公司职工通过职工代表大会、职工大会或者其他形式民主选举产生。”即监事会作为公司的专门监督机构，其规模应根据公司的具体情况而定。根据法律相关规定，有限责任公司设立监事会，其成员不得少于三人，股东人数较少或者规模较小的有限责任公司，可以设一至二名监事，不设立监事会。现本案被告注册资金达500多万元，且股东人数也较多，为保护公司和股东的利益，并便于全面了解公司的经营情况，真正起到对公司的监督作用，被告应当设立监事会。现被告不设监事会，仅设监事一名，显然与法律规定不符。
根据法律对于监事会成员产生途径的规定，监事会应当包括股东代表和适当比例的公司职工代表，股东代表由股东会选举产生，职工代表由公司职工通过职工代表大会、职工大会或者其他形式民主选举产生。现被告通过公司章程的条款直接约定监事由公司工会主席担任，本身违反了选举的程序。且由于工会会员是公司职工自愿申请并取得会员资格，并非是所有职工都是工会会员，而作为职工代表的监事是由全体职工选举产生，故工会主席和职工代表监事的选举受不同法律调整，且两者的主体和范围亦不相一致。故讼争条款实际上剥夺了一部分职工(未加入工会的职工)依法享有的选举监事的权利。故原告主张讼争章程第四十一条无效的主张成立。
由于被告对2006年7月29日“关于修改《公司章程》的决议”的表决程序和方式没有异议，故除上述四条内容因违反法律规定而无效外，章程其余条款均依法有效，原告主张上述决议和章程全部无效的主张无事实和法律依据，本院不予支持。
综上，依照《中华人民共和国合同法》第五十二条第(五)项之规定，于2007年1月31日判决：一、被告上海康达化工有限公司2006年7月29日通过的《上海康达化工有限公司关于修改(公司章程)的决议》中“上海康达化工有限公司章程”第二十四条第(二)、(三)项、第二十五条第(四)项、第二十九条、第四十一条的内容无效。二、原告童丽芳等13人的其余诉讼请求不予支持。
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