2.清算方案的确定。清算组在清理公司财产、编制资产负债表和财产清单后，应当制定清算方案并报人民法院确定。人民法院对清算方案的审查，主要是看清算方案所确定的债权清偿顺序和剩余财产的分配是否符合《公司法》第187条第二款的规定，即公司财产的清偿顺序：首先是支付清算费用、职工的工资、社会保险费用和法定补偿金[15] ;其次是缴纳所欠税款，再次是清偿公司其他债务。公司财产清偿债务后有剩余财产的，有限责任公司按照股东的出资比例分配，股份有限公司按照股东持有的股份比例分配。同时，人民法院在审查清算方案时，如发现公司财产不足清偿债务时，应责令清算组依法向人民法院申请宣告破产。公司经人民法院裁定宣告破产后，清算组应当将清算事务移交给人民法院，公司进入破产清算程序。
3.清算报告的确认。根据《公司法》第189条的规定，清算组在清算结束后应当制作清算报告，报人民法院确认。
四、股东会、股东大会、董事会决议撤销权的执行问题
股东会或股东大会、董事会决议，从性质上看，被拟制为公司的意思，对公司全体股东、经营者乃至未来加入公司的股东具有拘束力。但股东会或股东大会、董事会决议出现瑕疵并非罕见。此类瑕疵的出现，事关全体股东切身利益，法律既不能坐视损害股东会或股东大会、董事会民主、公司和股东利益的瑕疵而不问;也不能容忍当事人不分瑕疵之轻重随意随时推翻决议效力的“地雷”战。法律允许股东就有瑕疵的股东会或股东大会、董事会决议提起撤销之诉，旨在借助司法权力舒缓公平与效率在股东会或股东大会、董事会领域的紧张对峙。[16] 为此，新《公司法》第22条增加了这方面的内容：公司股东会或股东大会、董事会的决议内容违反法律、行政法规的无效。同时，赋予股东请求人民法院撤销东会或者股东大会、董事会的决议的权利，即凡股东会或者股东大会、董事会的会议召集程序、表决方式违反法律、行政法规或公司章程，或者决议内容违反公司章程的，股东可自决议作出之日起60日内[17] 请求人民法院撤销股东会或股东大会、董事会的决议。
按照民事行为被撤销的效力理论，股东会或股东大会、董事会决议被撤销后，其具有对世性，即其效力不仅应当及于原告股东与公司之间，而且原则上及于当事人之外的所有人;同时，在时间效力上应当溯及于决议之时。这一点在该条第四款中有明定，即公司根据股东会或者股东大会、董事会决议已办理变更登记的，人民法院宣告该决议无效或者撤销该决议后，公司应当向公司登记机关申请撤销变更登记。对于股东会或股东大会、董事会决议部分内容被撤销的，按照罗马法谚“有效之部分，不因无效之部分，而受影响(Utile per inutile non vitatur)”，有效的行为不应被无效行为所束缚、拘束，未被撤销的内容仍为有效。
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