“实质性相似”的的鉴定结果也不能判定是侵权行为，毕竟独立开发时出现的技术方面的选择设计的巧合(由于计算机程序是一种实用工具，出现选择设计的巧合是可能的)以及由于可供选择的表达方式有限而导致的“相似”等等都是有可能的，另外，或许被告方是否具有合法来源证明其获得该软件的正当性、合法性。所以在认“实质性相似”后，原告还要提供证据认定被告具有“接触”的事实，当然被告同样可以提出具有合法来源的抗辩。
在本案审理中，虽说要确认涉案的软件程序是否存在实质性相似的问题，但仍需要原告举证说明被告存在接触原告软件程序的前提，即法院在审理该类案件所依据的“接触+实质性相似”的原则，如何去证明“接触”的事实存在，一般实践中通过直接证据或间接证据认定。通过直接证据认定即如果存在被告曾在原告处工作或被告曾代理销售原告软件等情形，则可以认定被告曾接触过原告的软件。通过间接证据认定即如果原告软件首次发表时间早于被告软件首次发表的时间，即在被告软件发表前，原告的软件早已公之于众，被告有机会了解到原告的软件，则亦可以认定被告曾接触过原告的软件。
根据著作权法的理论，作品最重要的概念是独创性，著作权法所称作品，指文学、艺术和科学领域内，具有独创性并能以某种有形形式复制的智力创作成果。而独创性的主要判断标准是独立创作完成。因此与专利法上的创造性相比，它不要求具有排他性，即如果多位作家同时完成意见相同或类似的作品，只要这个作品具有独创性便受到法律保护。在具体的司法实践中，作为原告不能只是举证证明被告的作品与原告的作品相似或相同，然后就认定被告的行为构成侵权行为。因为完全存在这种可能性，即两个不同的主体在完全不同的创作环境下创作完成基本相同的作品。正因为如此，作为原告还应当证明被告的作品是在抄袭原告作品的基础上完成的。
本案中，对于深圳市A科技实业有限公司提出的鉴定问题，经审查专家组的鉴定结论，是通过多方面的分析比对，证实被控侵权软件的数据库在具体表达上存在严重的抄袭现象，甚至错漏之处，不合理设置、逻辑冗余、特殊标记等都照搬套用曾某、曹某软件的内容，所以专家组认定被控侵权软件与曾某、曹某的软件有实质性相似是毋庸置疑的。
对于软件实质性相似的认定标准，《著作权法》和《计算机软件保护条例》中都没有明确规定。最高人民法院在(1999)知监字第18号函，即审理本案时最高人民法院所发的函中确定了以下的认定标准：
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