再者，合理平衡善意第三人与软件著作权人之间的利益。善意复制件使用人的继续使用是软件正版化推进中必须解决难题之一，相应的制度设置应当允许善意第三人的继续使用，同时应当尊重计算机程序著作权人的著作权。对善意软件复制件使用人责任的规定过于宽松，将会导致软件著作权人合法权益受到侵害威胁。善意复制件人一旦知道其使用的计算机程序侵权后，如为避免重大损失继续使用计算机程序的行为实际上是善意第三人和著作权人之间的契约行为，善意复制件人的继续使用应当由双方协商，取得著作权人的许可。
四、加大软件盗版打击力度，提高软件侵权成本
软件盗版屡屡发生的一个很重要原因在于软件侵权打击力度不够，盗版者的违法成本过低。为此，应当加强软件著作权的执法，合理设置软件著作权侵权赔偿责任和刑事责任，遏制最终用户盗版侵权，对恶意侵权行为加大制裁力度。
软件著作权保护至关重要的问题就是如何通过法律途径遏制最终用户盗版侵权。目前，计算机软件最终用户盗版，特别是企业最终用户的盗版侵权行为，是中外软件著作权人维护合法权益面临的严峻挑战。世界不少国家都依据WTO的相关协议通过国内立法对最终用户商业性使用盗版侵权行为追究相应的刑事法律责任，很大程度上震慑和遏制了企业最终用户盗版侵权行为。建议在此次著作权法的修订和完善中，对商业最终用户侵权盗版致使软件著作权人遭受严重损失的行为的刑事追责问题予以解决，将商业最终用户未经授权使用、安装计算机软件的行为规定为以非法复制的方式侵犯著作权的行为，以此实现著作权法有关侵犯著作权的刑事责任的规定与相关刑事法律的规定的衔接。
著作权的执法应当与专利执法、商标执法相统一，执法依据应当具体，应当有利于著作权执法的及时有效开展;侵权赔偿要足以弥补著作权人因遭受侵权所致的全部损失，以增加侵权者的违法成本。损失难以计算的，可以按照侵权人的违法所得给予赔偿，权利人的损失或者侵权人的违法所得应参照损失发生时权利交易(转让、许可等)的市场价格确定;提高侵权法定赔偿额的额度。侵权人还应当足额赔偿权利人为制止侵权行为所支付的开支并单独计算。
为了更加有效地维护软件作品权利人的利益，为软件产业的持续健康发展打下坚实法律保障基础，对两次以上侵犯著作权的行为或故意侵犯著作权情节严重的行为，可设立惩罚性赔偿制度，对于两次以上侵犯著作权或者相关权的，或故意侵犯著作权使著作权人遭受严重损失的，按上述侵权赔偿数额的二至三倍确定赔偿数额。另外，为打击恶意侵权，保证权利人能够通过技术保护措施保护其合法权益不受侵犯，威慑和制止日益泛滥并给权利人造成巨大损失的破坏技术保护措施的行为，此次著作权法修订应当加大对技术保护措施的保护力度，严厉打击破坏技术保护措施和制造、提供、传播、进口用于破坏技术保护措施的设备、工具、方法等非法行为。
五、完善证据保全措施，为维权取证提供便利
软件行业的特殊性决定了权利人维权过程中搜集直接侵权证据困难重重，目前有关证据保全的规定将过多的自由裁量权如是否接受申请，何时接受申请赋予了法院，导致同样类型的案件在申请证据保全时全国各地法院的处理方法差异很大，难以为权利人将侵权行为诉诸于法律提供有效的制度保障。为便利权利人取得有关证据，更积极主动地采取维权行为，著作权法的修订应当明确人民法院“收到”申请后(而不是现在规定的“接受”申请后)，48小时内作出裁定;裁定采取保全措施的，应当立即执行;裁定驳回申请的，应当给予书面裁决并允许申诉和上诉。这样才能真正发挥证据保全制度的效力，加强法律监督并统一各地法院的做法。
行为人只要实施了侵犯商业秘密的行为中的一种行为，并给权利人造成了重大损失的，就能构成侵犯商业秘密罪。广东长昊律师事务所侵犯商业秘密罪辩护律师认为，在司法实践中，行为人往往不只是实施了其中一种行为，而是同时实施了两种以上的行为，从而给权利人造成重大损失。广东长昊律师事务所侵犯商业秘密罪辩护律师在处理上述情况的时候，如果行为人实施了前述侵犯商业秘密罪行为中的两种或两种以上的行为，仍只能构成侵犯商业秘密罪一罪，而不能数罪并罚，行为人实施的多种犯罪行为，可以作为该罪的量刑加重处罚情节。
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