3、机构分工不明确。我国目前的版权保护体系主要可以分为三个方面，即司法机构、行政执法机构和自发形成的行业性社团组织，享有软件版权的企业或个人在发现软件盗版后可以采取以下措施寻求救济：向公安局和检察院提供线索协助侦破，向法院提起诉讼;向版权局申请处罚、向工商局请求查处;向软件联盟反映情况或聘请律师协助调查等。应该说，这一保护体系是比较全面和完备的。对于软件盗版犯罪而言，根据我国刑事诉讼法的有关规定，其侦查、起诉和审判分别由公安机关、检察机关和审判机关负责，行政机关在执法过程中发现存在刑法规定的犯罪行为应当及时移送司法机关处理。除去本文曾经提到的认识领域以及立法方面的原因，机构分工不明确、移送程序不完善也是重要原因。目前，各地政府部门打击盗版的主要形式有：集中力量，在一定时间对市面游商进行收缴;集中一段时间针对某一种特定对象进行清理;接到被侵权人或举报人的举报后，对盗版进行查处。这样的方式在取得很大成绩的同时，弊端也同样明显。工商局作为国家的工商行政管理机构，事物性工作繁忙，不可能将打击盗版作为一项常设性工作任务，而版权局虽然是直接管理单位，但由于缺乏自己的管理组织网络，往往力不从心，如北京市作为版权人的集中地和版权作品的大量生产地，而版权局仅有市一级组织，明显不可能承担繁重的打击盗版工作。这就造成在实践中，更多的是由党委的宣传部门组织协调有关的文化部门、工商部门、版权管理部门、公安部门以及市容管理等部门联合进行打击盗版的活动，活动的性质也必然只能是更多从内容上认定的“打黄扫非”，活动的形式也难于形成制度。在法院系统，同样存在对盗版犯罪特性认识不足的情况，在1998年12月最高人民法院《关于审理非法出版物刑事案件具体应用法律若干问题的解释》中，将侵犯著作权罪和销售侵权复制品罪的司法解释也列入其中，反映出立法者仍然将制裁的重点放在内容不健康的黄色、反动作品即“非法出版物”上，对于软件盗版这种大多内容有益但形式违法的行为没有特别予以关注，不利于对症下药地解决问题。此外，在审判实践中，法院内部各审判机构之间的协调移送工作也有待改进。比如对于知识产权案件，法院一般由民庭或专门的知识产权庭(民三庭)进行审判，在审判过程中许多应当构成犯罪的行为没有向刑庭及时移送或没有及时告知当事人这一情况，大大降低了刑法有关规范的适用率。
4、缺乏有效的保护手段。加强对版权的保护根本上是为了保护版权人的利益。如果版权人自身没有从诸多救济途径中真正获取利益，那么这样的救济就不可能发挥好的作用。也就是说对于软件盗版犯罪的刑法规制而言，在注重刑罚惩罚威慑作用的同时，还要关注版权人是否能够挽回损失。软件盗版犯罪是一种经济犯罪，版权人遭受的损失主要是经济利益，在盗版侵权行为被查获之后，版权人最关心的是能否得到足额赔偿，其次才是盗版者是否会继续进行盗版活动。实践中，由于我国缺乏针对软件盗版犯罪特点的相应刑事法律手段、程序，比如立案要求的证明标准、侵权扣押程序等，致使版权人往往无法挽回因盗版所造成的巨大经济损失，这也使得版权人在其权利被侵犯后更倾向于提起民事诉讼，以便运用财产保全、先予执行等法律手段保证其经济利益。虽然我国刑事诉讼法规定了刑事附带民事诉讼的形式，赋予受害人依法取得民事赔偿的权利，但明显缺乏可操作性，无法满足软件版权人的需要。
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