举证责任倒置加大了被告在民事诉讼中所承担的民事义务，增加了被告的诉讼风险。因此，适用举证责任倒置有严格的条件限制。首先，应当严格掌握该原则的适用范围，必须是民法通则或其他知识产权实体法中明确规定的特殊类型的侵权案件才能适用。法律法规没有明文规定的，不能由法官任意扩大举证责任倒置的适用范围。其次，应当严格掌握该原则的内容，当事人所负担的举证责任仅仅是证明自己没有过错或证明原告有过错，如果又提出新的主张并按照法律规定应当承担举证责任，则不适用举证责任倒置。
目前有关知识产权法律法规明确规定适用举证责任倒置的是1 985年实施的《中华人民共和国专利法》，该法第60条规定，对发明专利产品制造方法，制造同样产品的单位或者个人应当提供其产品的制造方法的证明o最高法院关于适用《中华人民共和国民事诉讼法》若干问题的意见第74条也作了相应的规定。1992年《中华人民共和国专利法》修改后，将这一条改为“如果发明专利是一项新产品的制造方法，制造同样产品的单位或者个人应当提供其产品制造方法的证明”，也就是说，只有“新产品”的制造方法发明专利被侵权才适用举证责任倒置。
审判实践中有观点认为，侵犯商业秘密案件中，被告对于其使用的技术来源负有举证责任。从当前立法情况来看，并未规定这类案件适用举证责任倒置，原告仍然对被告采取不正当手段实施侵权行为的主张负有举证责任。如果被告提出自己使用的技术来源合法或者权利人的技术不具备法律规定受保护的条件，是提出自己的抗辩理由，按照“谁主张，谁举证”的原则，被告对其抗辩理由负有举证责任。
4、无需举证的几种情况
虽然法律规定当事人对自己的主张负有举证的义务，但有些事实是已经被证明或被确认的，当事人无需再举证。根据最高法院司法解释，当事人无需举证的情况有：(1)一方当事人对另一方当事人陈述的案件事实和提出的诉讼请求，明确表示承认的。(2)众所周知的事实和自然规律及定理。(3)根据法律规定或已知事实，能推定出另一事实。(4)已为人民法院发生法律效力的裁判所确定的事实。(5)已为有效证书所证明的事实。
在适用上述规定第4项时，如果当事人一方对已为人民法院生效法律裁判所确定的事实持有异议，并提供支持其主张的相应证据受诉人民法院应当对已经生效的裁判所确定的事实重新审查，不宜简单、机械地以生效法律判决、裁定认定的事实为依据，免除当事人的举证责任。
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