行政合同的诉讼时效，应当借鉴民事合同诉讼时效的规定。分为有效行政合同诉讼时效，无效行政合同诉讼时效。行政合同当事人主张行政合同无效的，可随时主张不受诉讼时效限制。有效行政合同分为约定或未约定最后履行期限的两种情形，在诉讼时效计算上起算时间不同。约定了最后履行期限的，期限届满之次日，开始计算诉讼时效，期限为2年。未约定最后履行期限的，行政合同当事人可随时主张权利，诉讼时效从主张之日起计算2年诉讼时效。
四、关于违约赔偿责任性质的问题。这里主要是研究行政主体违约赔偿责任的性质。行政主体未按行政合同履行义务，且合同已无法实际履行构成违约的，应当承担违约赔偿责任，这是毫无疑问的。问题的关键在于承担责任性质及损害范围的认定上。
持民事合同的观点认为，被告应承担的是一种民事责任，赔偿范围包括原告的实际经济损失，以及合同预期可得利益的损失。
持行政合同的观点认为，被告应承担的是一种行政赔偿责任，属国家赔偿责任之一种。因此在赔偿范围上以原告实际经济损失为限。笔者同意此种观点。
所谓行政赔偿，是指行政机关及其工作人员违法行使职权侵犯自然人、法人和其他组织的合法权益造成损失的，由国家给予受害人的赔偿 。行政赔偿的构成要件是：1、必须是行政机关及工作人员行使与职权有关的行为;2、必须是行政机关的违法行为;3、行政机关违法行政行为与受害人的损失存在法律上因果关系;4、受害人的损害事实已经发生。关于行政赔偿的归责原则，理论上有三种学说和观点，一是过错责任原则论，即以行政机关及工作人员在行使职权时，主观上有无过错(包括过失和故意)为标准，有过错造成受害人损失的，才承担国家赔偿责任;反之则不承担责任。二是无过失责任原则论，即不以行政机关及其工作人员主观有无过错为标准，只以结果论，即只要行政机关及其工作人员行使职权侵犯了受害人合法权益的，就要承担国家赔偿责任。三是违法责任原则论，是以行政机关及工作人员是否违法行使职权为标准，即行为论，行政行为违法则要承担国家赔偿责任，反之则不承担国家赔偿责任。我国国家赔偿法采纳违法责任原则观点 。规定国家机关和国家机关工作人员违法行使职权侵犯了公民、法人和其他组织合法权益造成损害的，受害人有权取得国家赔偿的权利。这里所指的“违法”应作广义理解，不是仅指违反行政法律及法规。包括国家基本法律(如民法通则、合同法)、行政法规，国务院部委规章，地方法规及地方规章。值得注意的是，在适用本条规定时，要审查受害人对损害事实发生有无过错，损害是由于受害人自身原因造成的，行政机关不承担赔偿责任。
行政机关违反行政合同义务的行为从广义上讲也是一种行政违法行为。行政合同一经签订，对行政机关就有拘束力，不履行合同义务，其行为就构成违法。当然行政违约行为与行政侵权行为之间存在一些区别，前者是以行政合同关系存在为基础;后者则是以行使职权存在违法性为基础;前者侵害的对象是行政合同产生的债权;后者侵害的对象是物权、人身权等绝对权。前者对违约赔偿范围可以事先约定，后者则是事后确定赔偿范围等。但不论是行政侵权违法行为，还是行政违约行为，在赔偿损害的范围上，均应以受害人实际经济损失为限。这一点是不同于民事违约赔偿责任范围的。
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