一、犯罪客体
非法侵入计算机信息系统罪的犯罪客体是国防建设、国家事务和尖端科学技术领域这些国家关键领域的计算机信息系统安全。
笔者认为，本罪被划分为妨碍社会管理秩序罪中有不妥，至少与目前计算机技术发展状况不协调。国家事务，是指有关国家安全，社会秩序，公民人身和财产权益的问题。国家事务并不是一个狭隘的概念，一般人对它的理解很局限，它不仅仅是局限于外交、行政的层面，它是一个关于国家整体战略层面的意义，涵盖了所有方面。无论是政府还是事业单位或学校，都应该涵盖到国家事务层面的计算机信息系统安全范围内。另外，国防建设、尖端科技与国家事务也不是完全区分开来的概念。国防部的计算机信息系统，军工单位的计算机信息系统等都是国防建设的一部分，比如生产军工武器装备的四川九洲集团，它既是国有企业，又关乎国防建设，其他这类的诸如生产歼20的成飞集团，生产发动机的中航集团等更是尖端科技。它们既属于国家事务又属于国防建设。所以为了适应社会发展，应将本罪重新定义。
二、犯罪客观方面
本罪的犯罪客观方面表现为行为人违反国家规定，非法侵入国家重点保护的国防建设、国家事务和尖端科学技术领域的计算机信息系统的行为。
第一，刑法中所称的违反国家规定，是指违反全国人大及其常务委员会制定的法律和国务院制定的行政法规等，其他国家机关和部委的规定不在此列。违反国家规定是界定“非法”的依据，虽然刑法并没有对“非法”进行明确定义。对于本罪，相关法律法规例如国务院制定的《中华人民共和国计算机信息系统安全保护条例》、全国人大常委会制定的《关于维护网络安全和安全的决定》等即可作为“非法”的认定依据。根据罪刑法定原则，没有违反相关国家规定进入相关系统的，不会构成犯罪。
第二，所谓的“侵入”，从逻辑上讲是指没有相关单位或有资格的主体授权从而以不符合要求的身份或方式进入了计算机信息系统；从技术上讲是指没有合理身份的主体利用计算机技术手段破坏、突破、避开计算机信息系统的安全防护机制从而进入了系统。安全防护机制最为严密的就是国家重要领域的系统了，因为涉及国家机密，这类安全防护机制还包括专业的“计算机保安”，即具有极高水平的计算机人员，他们的工作就是维护日常安全防卫机制和时刻应对突发状况。
三、犯罪主体
在《刑法修正案九》中，相关计算机犯罪的罪名都增加了单位犯罪，这弥补了长期以来的关于这一领域单位犯罪的司法认定难的问题。本罪的犯罪主体即为一般主体。现今我国部分学者认为本罪的犯罪主体也应该包括特殊主体，即具有特定身份且达到刑事责任年龄具有刑事责任能力的自然人。我国对计算机犯罪的主体并没有限制。笔者以为，掌握专业知识这一特点并不具备构成自然身份和法定身份的条件，也不能作为在当前计算机技术发展非常成熟的背景下的认定标准，由于计算机技术的专业性较强，不易作为一个标准来定罪量刑，它只能作为一项技能来看待。而且许多黑客软件、教程和视频等并不需要计算机知识，只需要傻瓜式的操作即可，所以将本罪的主体规定为一般主体即可。
四、犯罪主观方面
本罪的主观方面是故意，且不可能是间接故意，即行为人明知是国防建设、国家事务、尖端科技的计算机信息系统，仍然违反国家规定而非法侵入。此类重要领域的计算机信息系统是具有极其严密且高级别的防护机制，一个没有较长时间精心准备的人是不可能随便突破或者避开这类程序而进入系统，即使是拥有权限能够非法侵入系统的人，也必须决定自己是否要实施这一行为。
本罪并没有规定过失犯罪的情况。有学者认为过失可以构成本罪，因为本罪所保护的利益是非常重大的，所以才以行为本身就表现着对犯罪客体的威胁为出发点设置了本罪。如果不设置过失犯罪，任何人都可以以疏忽大意为由逃避法律制裁，这不利于保护相关客体和对象。笔者认为本罪过失犯罪不成立。故意犯罪相比过失犯罪对于法益的侵害更为严重，过失的主观恶性远远小于故意犯罪，过失犯罪的成立也必须发生危害结果，故意犯罪则没有要求。在司法实践中，行为人过失突破、破坏和避开这些重要领域的计算机防护机制几乎不可能发生。
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