1.犯罪客体不同。前者侵犯的客体主要是单位资金的使用权，犯罪对象只能是单位所有或处于单位经营、管理、使用中的资金，不包括实物状态的财产;后者侵犯的客体是单位对财物的所有权，即占有、使用、收益、处分的权利，犯罪对象不限于本单位的资金，还包括一切具有价值的财富和物质。
2.犯罪客观方面不同。前者的行为方式只是挪用，即未经合法批准或许可而擅自使用本单位的资金;后者的行为方式是将本单位财物非法占为己有，其手段可以是侵吞、窃取、骗取以及其他方法;前者虽然擅自将本单位资金挪归个人使用或者借贷给他人使用，但是并未转移所有权，而后者则表现为以侵吞、盗窃、骗取等手段，非法占有本单位的财物，这里的占有是永久性的占有;前者挪用资金进行非法活动时，法律并未要求数额较大，后者是在任何情况下都要求数额较大;前者挪用资金进行一般活动时，法律要求“超过三个月未还”，后者对侵占的时间并不要求。
3.犯罪主观方面不完全相同。两罪在主观方面虽然都出自直接故意，但故意的内容不同。前者是挪用本单位资金的故意，后者是侵占公司、企业财物的故意;前者的目的在于非法取得资金的使用权，但并不企图永久占有而是打算用后归还;后者的目的在于非法取得公司、企业财物的所有权，是永久性的占有，而不仅仅是暂时使用的问题。
二、挪用资金罪与挪用公款罪的区别
挪用公款罪是指国家工作人员利用职务上的便利，挪用公款归个人使用，进行非法活动的，或者挪用公款数额较大、进行营利活动的，或者挪用公款数额较大、超过3个月未还的行为。由此不难看出，挪用资金罪与挪用公款罪在客观方面的表现大体是相同的，都是利用职务上的便利，都有三种不同的表现形式。在主观方面，二者也颇为一致，即都是由直接故意构成。因此，对二罪进行区分，主要看它们的客体和主体。
从客体上来说，挪用公款罪侵害的是国家对公款的所有权，而挪用资金罪侵害的是非国有公司、企业或者其他非国有单位资金的所有权。二者体现的所有权形式是不同的。
从主体上来看，二者存在明显的不同。挪用公款罪的主体是国家工作人员，是指国家机关中从事公务的人员，并包括国有公司、企业、事业单位委派到非国有公司、企业、事业单位、社会团体从事公务的人员，以及其他依照法律从事公务的人员。挪用资金罪的主体是非国有公司、企业或其他单位中不具有国家工作人员身份的人员。
接受国有公司的委派到非国有公司从事公务的人员挪用非国有公司的资金如何定性?一种意见认为，应定为挪用公款罪，理由是根据刑法第272条第2款的规定，“非国有公司、企业以及其他单位从事公务的人员有前款行为的，依照本法第384条的规定定罪处罚”，这里的“前款行为”即指挪用本单位资金行为，“依照第384条定罪处罚”即指应按挪用公款罪定罪处罚。另一种意见认为，挪用公款罪的犯罪对象只能是公款，而挪用本单位资金的不一定是公款，因此不应定为挪用公款罪，而是挪用资金罪。笔者认为，挪用资金罪和挪用公款罪的共同点在于都侵犯了挪用人所在单位对资金的所有权，刑法之所以区分这两种犯罪，并对挪用公款罪规定较重的处罚，原因是挪用公款罪不仅侵犯了对本单位资金的使用权，更重要的是由于挪用人的国家工作人员这一特殊身份侵犯了国家职务行为的廉洁性。受国有公司委派到非国有公司从事公务的人员挪用本单位资金，不仅仅侵犯了该单位对资金的所有权，更因为其从事公务这一特殊的身份特征破坏了职务行为的廉洁性，所以才需要予以更重的处罚。因此，笔者认为，接受国有公司的委派到非国有公司从事公务的人员，挪用非国有公司资金的，也应定为挪用公款罪。
三、挪用资金罪与挪用特定款物罪的界限
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