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《软件保护条例》第二十五条：“侵犯软件著作权的赔偿数额，依照《中华人民共和国著作权法》第四十八条的规定确定。”《著作权法》第四十八条：“侵犯著作权或者与著作权有关的权利的，侵权人应当按照权利人的实际损失给予赔偿；实际损失难以计算的，可以按照侵权人的违法所得给予赔偿。赔偿数额还应当包括权利人为制止侵权行为所支付的合理开支。权利人的实际损失或者侵权人的违法所得不能确定的，由法院根据侵权行为的情节，判决给予五十万元以下的赔偿。”
从以上规定来看，我国软件侵权赔偿的计算方式和商标、专利一样有4种方式：1）可得利益损失，2）侵权获利，3）间接损失，4）法定赔偿。具体计算也和商标、专利相似，最高法院在司法解释中有更为明确的计算方式。
1、可得利润损失法
以权利人在被侵权期间可得利润的减少作为权利人的损失。其计算公式为：损失额=软件的单位平均利润×(月标准销售量×侵权时间(月数)-在被侵权期间的实际销售量)。使用这种方法计算比较复杂，主要问题有：
(1) 月标准销售量的确定。如果软件投放市场后销售情况较好，呈上升趋势，则要以被侵权前最后一个月的正常销售量作为月标准销售量。如果软件投放市场后，销售量不具上升趋势，而是上下波动，则可取其被侵权的月平均销售量。
(2) 侵权开始时间的确定。侵权时间对于损失额的计算很关键，但由于各种因素的影响，很难确定。知识产权律师认为，如果可以查明盗版上市时间;如不能确定盗版上市时间，在市场上没有较大的不利于该类软件销售的情况下，可将软件销售量锐减的月份作为侵权的开始时间。
(3) 软件的单位平均利润应是净利润，而不是毛利润。
这种计算方法的优点是所得出的损失额比较接近于实际损失，且适用范围广，可用来计算大部分软件侵权案的侵权损失额。不足之处是没有考虑到市场因素的影响，当市场变化较大时，不宜采用这种方法。
2、侵权获利法
以侵权者侵权所获利润作为权利人的损失。在实践中，这种计算方法运用得比较少。主要是因为，对侵权者的销售情况取证困难，不易确定侵权者的真实获得情况。其次，计算机软件属知识密集型产业，开发费用大，投资高，但复制却比较容易。一份不加的软件一经销出，就无法控制其再行复制的传播范围了。仅以查获的非法利润所得作为权利人的损失，显然是不客观的。另外，从社会效果来看，如果仅判定侵权者赔偿已查明的非法收益，那么对他来讲是无关痛痒的，甚至还可获得未被发现的非法收入，因此就不利于打击侵权者的违法行为。如果权利人与侵权者的销售地区不在一个区域，侵权者的侵权行为对于权利人的销售情况影响不大，在不知道许可使用费的情况下，可以采用这种方法。当然，这就需要对侵权者的销售情况进行深入、细致的调查，确定查清侵权者的获利情况。
3、间接损失的范围
软件侵权所造成的间接损失主要为权利人行使软件作品著作权的可得利益损失。这些损失包括权利人丧失的市场份额及市场竞争力上的削弱，以及商业信誉的损失。此外，对于用制止侵权行为的合理费用也应计算在内。在实践中，制止侵权行为的合理费用的范围一般包括：
(1)合理的律师费用;
(2)计算机软件侵权直接损失的确(2)调查取证及为制止侵权行为所支付的正当差旅费等;
(3)为举证而查阅、复印有关资料而支付的合理费用;
(4)合理的鉴定费以及办理证据保全公证费用等其他合理费用。
4、法定赔偿
鉴于计算机软件侵权诉讼的特点，在很多情况下，侵权行为人造成了侵权后果，给权利人造成的实际损失和侵权行为人的侵权获利由于多种原因并不易查清。当事人对此举证及人民法院查明有关事实也是十分繁杂、浩大的工程。因此，对无法查清实际损失或营利数额的，可以按一个规定的范围确定赔偿数额。根据各地经验，对侵犯他人计算机软件著作权的，赔偿额为人民币1万元到30万元幅度掌握。在此范围内，根据侵权行为的情节、后果、过错程度等进行确定。对计算机软件著作权人权按照上述赔偿范围最低数额要求赔偿的，被告的行为又构成侵权，人民法院可以不作有关侵权损失的调查，可直接按照该数额判令被告承担赔偿责任。
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侵权赔偿数额认定：
（1）给权利人造成的实际损失；
（2）因侵权而获利的数额；
（3）使用盗版软件按正版软件计价；
（4）都不能确定的，由法官在50万以内自由裁量；
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1、实际损失计算法，
权利人因侵权人的侵权复制品在市场上销售使软件著作权人或其合法受让者的软件销售量下降，其销售量减少的总数乘以每个软件的利润所得之积，即为被侵权人的实际经济损失。
在确定被侵权软件的价格时，可参照该软件登记时的报价。
2、侵权人违法所得法：
侵权人从每件侵权复制品获得的利润乘以市场上销售的总数所得之积，即为侵权人所得的全部利润。
采取这种方式应考虑以下因素：
（１）如果侵权人是采取比被侵权软件低的价格在市场上销售的，应以被侵权软件的销售价来计算机侵权人所得
（２）如果侵权人能证明其所得的成本或必要费用的，予以扣除，不能证明的，以侵权行为所得之全部收入为其所得利润。
3、法定赔偿法
权利人的实际损失或者侵权人的违法所得不能确定的，著作权法规定可由人民法院根据侵权行为的情节，判决给予50万元以下的赔偿。北京市高院则规定的比较具体，为侵权人应赔偿５０００至３００００元 。另外，除上述损失外，原告还可以要求侵权人赔偿其因主张权利而支付的相关调查费用、律师费用。但是，应当注意，这些损失应当在提起诉讼的同时以并提出，否则，法院不予考虑。
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《软件保护条例》第二十五条：“侵犯软件著作权的赔偿数额，依照《中华人民共和国著作权法》第四十八条的规定确定。” 《著作权法》第四十八条：“侵犯著作权或者与著作权有关的权利的，侵权人应当按照权利人的实际损失给予赔偿；实际损失难以计算的，可以按照侵权人的违法所得给予赔偿。赔偿数额还应当包括权利人为制止侵权行为所支付的合理开支。 权利人的实际损失或者侵权人的违法所得不能确定的，由法院根据侵权行为的情节，判决给予五十万元以下的赔偿。”
从以上规定来看，我国软件侵权赔偿的计算方式和商标、专利一样有三种方式：1、被侵权人因侵权遭受的损失，2、侵权人因侵权获得的收益，3、法定赔偿。计算具体计算也和商标、专利相似，最高法院同样有在司法解释中有更为明确的计算方式。
关于被侵权人因侵权遭受的损失，《最高人民法院关于审理著作权民事纠纷案件适用法律若干问题的解释》（下称解释）第二十四条：“权利人的实际损失，可以根据权利人因侵权所造成复制品发行减少量或者侵权复制品销售量与权利人发行该复制品单位利润乘积计算。发行减少量难以确定的，按照侵权复制品市场销售量确定。”这里列出了一个计算公式：侵权复制品销售量×单位利润，在实践中比较好适用，实际上在实践中还有更好计算的方式。软件侵权一般最终用户侵权的情形比较多见，从较早以前微软起诉亚都，到后来××装饰公司被国外软件公司起诉，这些案件都是最终用户侵权，最终用户侵权赔偿是很好计算的，侵权人使用了多少个侵权软件，就使被侵权人少卖了几个正版软件，那样被侵权人因为侵权遭受的损失非常好计算，正版软件的市场价格是固定的，软件开发完成后，其复制制作成本几乎为零，所以只要证明侵权人使用了多少个盗版软件就可以了，在××装饰公司的侵权案件中，判决赔偿原告Autodesk公司经济损失人民币149万元就是这样计算的。因为他们使用的软件价格比较高，所以赔偿的数额比较大。
关于法定赔偿，解释第二十五条：“权利人的实际损失或者侵权人的违法所得无法确定的，人民法院根据当事人的请求或者依职权适用著作权法第四十八条第二款的规定确定赔偿数额。人民法院在确定赔偿数额时，应当考虑作品类型、合理使用费、侵权行为性质、后果等情节综合确定。”解释做一些限制，法官在行使自由裁量权的时候，应当参照一些情节综合确定。
关于合理开支，解释第二十六条：“著作权法第四十八条第一款规定的制止侵权行为所支付的合理开支，包括权利人或者委托代理人对侵权行为进行调查、取证的合理费用。人民法院根据当事人的诉讼请求和具体案情，可以将符合国家有关部门规定的律师费用计算在赔偿范围内。”和商标侵权赔偿的相关规定一样，软件侵权也明确规定律师费也可以作为合理开支。上述案例中法院判决××公司赔偿合理费用32250万多元。
关于连续侵权问题，解释第二十八条：“侵犯著作权的诉讼时效为二年，自著作权人知道或者应当知道侵权行为之日起计算。权利人超过二年起诉的，如果侵权行为在起诉时仍在持续，在该著作权保护期内，人民法院应当判决被告停止侵权行为；侵权损害赔偿数额应当自权利人向人民法院起诉之日起向前推算二年计算。” 我们可以看到这个规定和商标、专利的相关规定是一样的，所以如果知道有人在侵权最好是在两年内就起诉，免得过了诉讼时效的部门不能追究了。
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