知识产权权利冲突，是指对争议的智力成果或者标记，原、被告双方都拥有知识产权。造成权利冲突的原因，主要是因为我国对知识产权审查授权的部门不同，且这些知识产权授权的最终审查权不在人民法院。近年来，人民法院在审理知识产权民事纠纷案件中，权利冲突的案件时有发生，主要表现为：1．同一类型权利的冲突，如发明、实用新型及外观设计专利权之间的冲突；2．不同类型权利的冲突，如外观设计专利权与商标权发生冲突，或商标权与著作权发生冲突，或商标权与在先使用的商品的特有的名称、包装、装潢权利发生冲突，或商标权与企业名称权发生冲突等。
如何解决权利冲突，公正保护知识产权所有人的合法权益？人民法院受理的知识产权纠纷案件或者其他民事纠纷案件中，凡涉及权利冲突的，一般应当由当事人按照有关知识产权的撤销或者无效程序，请示有关授权部门先解决权利冲突问题后，再处理知识产权的侵权纠纷或者其他民事纠纷案件。经过撤销或者无效程序未能解决权利冲突的，或者自当事人请求之日起3个月内有关授权部门未作出处理结果且又无正当理由的，人民法院应当按照民法通则规定的诚实信用原则和保护公民、法人的合法民事权益原则，依法保护在先授予的权利人或在先使用人享有继续使用的合法的民事权益。
根据民法通则第134条第3款和最高人民法院1994年9月29日印发的《关于进一步加强知识产权司法保护的通知》的规定，人民法院在审理知识产权民事纠纷案件中，对情节严重的侵权行为给予相应的民事制裁是十分必要的，对于具体罚款数额，可参照有关知识产权单行法律规定的处罚标准予以确定。
知识产权纠纷案件的诉讼时效应当依据民法通则关于诉讼时效的规定和有关法律的规定办理。审判实践表明，某些知识产权侵权行为往往是连续进行的，有的持续时间较长。有些权利人从知道或者应当知道权利被侵害之日起2年内未予追究，当权利人提起侵权之诉时，权利人的知识产权仍在法律规定的保护其侵权人仍然在实施侵权行为。对此类案件的诉讼时效如何认定？对于连续实施的知识产权侵权行为，从权利人知道或者应当知道侵权行为发生之日起至权利人向人民法院提起诉讼之日止已超过2年的，人民法院不能简单地以超过诉讼时效为由判决驳回权利人的诉讼请求。在该项知识产权受法律保护期间，人民法院应当判决被告停止侵权行为，侵权损害赔偿额应自权利人向人民法院起诉之日起向前推算2年计算，超过2年的侵权损害不予保护。
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