虽然双方签订《施工合同》中约定了违约金条款，但根据我国《合同法》第114条第2款：“约定的违约金低于造成的损失的，当事人可以请求人民法院或者仲裁机构予以增加;约定的违约金过分高于造成的损失的，当事人可以请求人民法院或者仲裁机构予以适当减少。”之规定，双方合同约定违约金数额为合同价款的2倍，明显高于实际损失，况且本案也没有实际损失，应当根据本案情况适当减少。逾期交工罚款也属于违约条款，合同违约金条款重复约定。
双方合同及其合同变更内容的其他条款，根据我国《合同法》第四十四条：“依法成立的合同，自成立时生效。”第十条：“当事人订立合同，有书面形式、口头形式和其他形式。”第十一条：“书面形式是指合同书、信件和数据电文(包括电报、电传、传真、电子数据交换和电子邮件)等可以有形地表现所载内容的形式。” 第七十七条：“当事人协商一致，可以变更合同。”之规定，应当合法有效，经双方协商一致，就原施工合同约定的工期、材料供应等事宜进行变更，该变更也同样合法有效。
2、乙公司在合同履行中首先且多次违约，违约付款、没有提供施工条件、没有按照合同变更内容提供施工材料等，导致工程不能如期完工，最终乙公司单方毁约撕毁合同。乙公司应当承担本案全部违约责任，而且，乙公司在诉讼过程中一直违法，由此造成的工程质量问题、所谓的损失应当由其自行承担。甲公司守约履行合同，其所提反诉依法成立。
3、无法证明甲公司施工存在质量问题。
(1)经本案当事人双方协商一致，工程工期顺延至5月20日，在甲公司正常施工期间，未提交乙公司竣工验收前，无法最终确认工程质量合格与不合格。(2)乙公司认为工程质量存在问题的依据某中级人民法院司法鉴定中心的鉴定结论。由于该鉴定违反最高院民事诉讼证据规定第二十六条规定：“当事人申请鉴定经人民法院同意后，由双方当事人协商确定有鉴定资格的鉴定机构、鉴定人员，协商不成的，由人民法院指定。”之规定，甲公司没有参与鉴定，该司法鉴定程序违法。而在重新鉴定时，由于乙公司擅自对工程进行维修，使得工程原貌不复存在，某高级法院司法鉴定中心无法对工程质量及维修费用得出结论，根据最高院《民事诉讼证据规定》第二十五条第二款：“对需要鉴定的事项负有举证责任的当事人，在人民法院指定的期限内无正当理由不提出鉴定申请或者不预交鉴定费用或者拒不提供相关材料，致使对案件争议的事实无法通过鉴定结论予以认定的，应当对该事实承担举证不能的法律后果。”之规定，该责任应由乙公司承担。
4、就工程维修问题，由于某高级人民法院司法技术鉴定中心在鉴定时，乙公司将现场毁坏，导致无法鉴定质量和维修费用，责任应当由乙公司承担;而乙公司与没有钢结构专项施工资质的丙公司签订所谓维修合同，该维修合同依法无效。依据该维修合同支出的维修费用不应当得到支持。
五、长昊讲堂
本案是一起因工程质量和工期引发的纠纷，虽然工程实际履行价款只有21.5万元。但由于合同约定违约金数量过高，重复约定违约金条款，在合同履行期间，又涉及合同的变更问题，特别是在诉讼过程中，进行了两次司法鉴定，其中一方擅自动用施工现场。由此带来的法律后果值得建筑施工企业引起足够重视。
1、关于合同签订。本案中，双方合同约定的违约金数额为合同价款2倍，且还约定逾期交工一天罚1000元。实际上，二者均是违约金条款，属于重复计算，二者只能选择其一。合同约定违约金数额过高，而建设工程在质量和工期方面往往可能出现问题，实际中容易使施工企业陷于被动。
2、关于合同的变更问题。合同签订之后，双方经过协商一致修改变更合同，但变更应当采用书面形式，本案中，双方采取商函方式，值得借鉴。
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