第二，关于侵权人在侵权期间因侵权所获得的利润。这可以根据该侵权产品在市场上销售的总数乘以每件侵权产品的合理利润所得之积计算，而合理利润一般按照侵权人的营业利润计算。对于完全以侵权为业的侵权人，甚至可以按照销售利润计算。营业利润的计算相对受害人的实际损失而言是比较容易的，因为利润核算是根据运行稳定有效的会计准则来完成，并且已经形成一套公允的计量标准。而实际损失的计算如前所述，则相当复杂。故而，采用计算侵权所得利益来替代计算损失是更为简便易行的方案。
不过值得注意的是，采用侵权所得利润来确定赔偿数额应该严格限定于“在侵权期间”和“因侵权”，不能将侵权前、侵权后及正常经营所得利润计入赔偿额之内。从全国人大法工委的解释来看，并未明确损害赔偿额是利润的全部还是部分。实际上营业利润的大小受到多方面因素的影响，而不仅仅是商业秘密的作用。行为人的销售能力、渠道、宣传手段、成本控制和定价能力都对营业利润起到重大影响。如果仅由于侵犯商业秘密就将营业利润全判给商业秘密持有人，显然不甚合理。另外，根据《反不正当竞争法司法解释》规定的“应当根据该项商业秘密的商业价值确定损害赔偿额”，说明在计算损失时应区分与商业秘密有关的利润部分。然而，若要在诸多因素中抽离和计算商业秘密对利润的影响，是一件十分困难的任务。不过在目前的司法实践中，这一计算方式已经得到了运用，说明仍有可供实践操作的空间。在“江苏省机电研究所诉徐州天地机械制造公司等侵犯商业秘密纠纷案”中，对侵权所得利润即采取了综合判断、酌情参考确定的方式。
原告拥有一项关于混凝土泵技术的技术秘密，被告未经原告同意，使用原告技术秘密生产、销售混凝土泵，原告以侵犯商业秘密为由诉之法院。法院认为被告构成侵权，在确定赔偿额时主要考虑了以下因素：
1. 审计报告所确定的同行业相同产品平均利润为每台4.6万元。
2. 本案权利人所主张的商业秘密体现在混凝土泵的Ｓ管和料斗中，但Ｓ管和料斗作为混凝土泵的关键部件是无法与整台设备完全割裂开的。同时，也正是该商业秘密使整台设备具有一定的市场竞争优势，从而给权利人带来一定的经济利益。因此本案在酌定相关利润时，只能参考整台设备的利润，而不仅仅是含有商业秘密的部分。
3.鉴于Ｓ管和料斗只是整台设备的一部分，且只是机械、材料部分的关键部件，而混凝土泵的核心技术是电器控制系统和液压系统，因此在酌定侵权获利时不应以整台设备的全部利润进行确定。结合本案案情，综合考虑商业秘密部分对整个产品所起作用的因素基础上，酌定侵权获利为每台产品1.53万元，并据此做出判决。
可见，在理解《反不正当竞争法》第17条和《反不正当竞争法司法解释》第17条的基础上，对于损害赔偿额不应简单地以全部营业利润为确定标准，而是应当考虑商业秘密的作用、产品制造工艺、市场销售情况以及当事人自身能力等多方面因素，酌情确定合理的赔偿数额。
不过，侵权人所得的利润是否能够覆盖权利人的实际损失，是值得怀疑的。如果侵权人尚未实际进行销售，又或是销售数额较小，则利润必然寥寥。但其侵犯商业秘密的行为却使得该秘密在行业内扩散开来，这对权利人就该商业秘密的期待利益可谓是毁灭性的，但仅就侵权人所获得的利润，其却并不一定能获得有效救济。采用侵权所得利润来确定损害赔偿额，可能无法充分救济商业秘密的权利人。
并且无论是实际损失还是侵权所得利润都十分难以计算且存在不确定因素。因此，除了在采用上述办法计算损害赔偿之外，我们仍然要引入法定赔偿作为确定损害赔偿额的备选方式。
第三，关于参照商业秘密许可使用费的倍数合理确定赔偿数额。这一方法来源于参照适用《专利法》的规定，属于法定赔偿的一种，称为基数式法定赔偿。关于倍数的具体数额，最高院在《关于审理专利纠纷案件适用法律问题的若干规定》明确，参照许可使用费的１倍至３倍合理确定赔偿数额。相对于计算实际损失和侵权所得利益，参照许可使用费的法定赔偿方法显然操作性更强，更容易在实践中适用。对于这一方法的运用，首先应由原告对许可使用费的数额承担举证责任，向法院提供有关许可使用的合同和相关费用已经实际支付的证据。其次，法院应对该许可使用合同的真实性进行审查，例如审查许可人和被许可人是否存在关联关系，可比市场上同类许可使用费的价格，合同实际支付和实际履行的情况等等。最后，由法院根据案件侵权事实、情节，并比对供参照的许可使用合同，酌情确定赔偿数额。
有学者指出，法院应当审查本案被告与作为被许可人的第三人的状况，如企业状况、盈利状况等是否相似，因为“被许可人状况不同，许可人完全可能给出不同的许可费标准”。但考虑到法律实践中的困境，笔者认为这一观点有待商榷。因为企业的具体类型千差万别，若要原告恰好签订了一份与被告人情况相似的许可使用合同，并且已经实际履行，显然增加了原告的举证难度。而如果要求法官根据企业的具体情况确定许可使用费的标准，又涉及商业判断，有超越法院的职权范围之嫌。该观点虽然是一个较为理想的设想，但却并不易实施。故而，笔者主张，许可使用费的确定应当采纳一个确定统一标准的计算方式。法院可以综合参考原告提供的一份或多份许可使用合同，得出一个平均价格，并在此基础上确定赔偿的数额。例如，在许可使用费按件计费时，可以平均价格乘以侵权人产量确定；如许可费按年计收，则可以年度许可费用除以营业额得出一个费率，再相应乘以侵权人的营业额来计算赔偿额。如此达到赔偿标准的统一、确定，才不至于造成审判实践的混乱。
第四，关于在前述方法无法确定赔偿额时采用300万以下酌定赔偿额的法定赔偿方法。这一方法解决了损失计算和获利数额的认定困境，又回避了许可使用费的举证问题。其优点是减轻了权利人的举证责任，通过赋予法官自由裁量权拓宽救济渠道，加大了对当事人的救济力度，在实践中适用的比例较高。然而，相应的司法解释对酌定因素的规定又十分抽象，增加了法官实际操作的难度。从《反不正当竞争法》以及相关司法解释规定的精神来看，损害赔偿额的确定始终应当以商业秘密的价值为核心，法定赔偿亦不例外，法院应根据案件的具体情况和情节进行综合判断从而确定赔偿标准。
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