(1)根据使用（按：指运行）的需要把该软件（程序）装入计算机内。合法持有者所持有的软件（程序）复制品，通常是固定在计算机外部存储器（磁带、磁盘、光盘等）上的，要实际运行软件（程序），还需要将程序装入计算机内部的随机存取存储器(RAM)中才行。这个过程也称为“装机运行”(loading and running)。这一过程本身是在计算机内部存储器中复制了一份该程序，是行使复制权的行为（尽管这只是一种易失性的复制，即一旦关机，RAM中的程序就永久消失），但同时又是软件（程序）复制品合法持有者运行软件所必须的操作步骤。因此，有必要对这种情况下的软件（程序）著作权人的复制权进行必要的限制，允许合法持有者为了运行的需要而将软件装机（即复制该软件）。但是软件保护条例对所装入的计算机归谁所有未加限制，即没有规定只能装入该合法持有者自己拥有的计算机内。是否需要作此限制，值得研究。
(2)为了存档而制作备份复制品。这也是对软件（程序）著作权人的复制权的限制。合法持有者不论是通过购买取得该软件（程序）或是通过租借、许可活动取得该软件（程序），也不论存储该软件（程序）的载体性质如何，都享有此项权利。但是，此项权利也不得滥用，即不得将备份复制品以任何方式提供给他人使用。而且，一旦合法持有者丧失对该软件（程序）的合法持有权，这些备份复制品就必须全部销毁。否则，这些备份复制品就会成为侵权的复制品。在软件（程序）著作权许可合同中，如果规定合同期满后被许可人的使用权终止，则被许可人也同时丧失对该软件（程序）的合法持有权。在软件（程序）租用者租期届满时，租用者也丧失其对该软件（程序）的合法持有权。
(3)为了把该软件（程序）用于实际的计算机应用环境或者改进其功能性能而进行必要的修改。这是对软件（程序）著作权人的修改权的限制。程序是为了使计算机产生一定结果的“实用工具”，如果程序不能使计算机产生一定结果，即无实用价值。这时，显然有必要针对程序的缺陷进行必要的修正。从软件（程序）复制品合法持有者的角度说，如果作这种修改也必须经软件著作权人同意，未经同意就不能修改，则将无法发挥程序的实用功能。另一方面，程序必须能用才能有价值。所以，软件（程序）著作权人也没有理由禁止软件（程序）复制品合法持有者为使程序用于实际环境及改进其功能性能而进行必要的修改，而使程序一直处于无实用价值或实用价值很小的状态。另外，软件（程序）著作权人实际也很难主张，软件（程序）复制品合法持有者的这种修改影响到了他在原来程序中所表达的创意、情感或个性。这与传统作品的情况不同。
当然，软件保护条例对合法持有者行使这项权利作了必要的限制——除另有协议之外，未经该软件（程序）著作权人的同意，合法持有者不得向任何第三方提供修改后的文本。软件保护条例对行使这项权利的合法持有者取得软件（程序）复制品的途径（即通过购买取得或是通过租借、许可取得）未加限制；允许进行必要修改的前提也没有限于“指定的”计算机应用环境，而是范围更广的“实际的’’计算机应用环境或者改进原软件（程序）的功能性能。
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